Alex, Marty, Gloria e Melman, gli irriducibili compagni dello zoo di New York, che nel primo capitolo della saga finiscono in Madagascar, vogliono tornare a casa: con loro si imbarcano sull’aereo della Air Penguin (pilotato e gestito dai pinguini), anche Re Julien con il suo fedele consigliere Maurice che, però, volano in prima classe con le scimmie.